Oprócz stygmatów, Św. Ojciec Pio miał również inne dary. Jednym z nich był niezwykły zapach, który wyróżnia świętych. Można go porównać do zapachu fiołków. Ten zapach był odczuwalny w obecności Św Ojca Pio, wydobywał się z jego ciała oraz przedmiotów, które dotknął.
Św. Jan Paweł II spotkał się z Św. Ojcem Pio tylko raz. Wcześniej wysłał mu list prosząc o modlitwę za jego przyjaciółkę – Wandę Półtawską, która miała nowotwór złośliwy. Po wstawiennictwie Św. Ojca Pio, Pani Wanda szybko odzyskała zdrowie- nowotwór zniknął. Jakiś czas po tym wydarzeniu pojechała do Włoch, Św. Ojciec Pio położył ręce na jej głowie i spytał :
“ A więc już dobrze”?
Po tym wydarzeniu, Pani Wanda nie miała najmniejszych wątpliwości, że to właśnie za pośrednictwem Św.Ojca Pio, nastąpił cud.